腸道菌群的紊亂或失調與許多炎症和自身免疫疾病有關。腸易激綜合徵，炎性腸病，類風濕性關節炎和強直性脊柱炎都與腸道菌群的改變有關。由腸道微生物群，生態失調引起的自身免疫性疾病可導致各種症狀或疾病;有100多種自身免疫性疾病。那些患有自身免疫性疾病的人會出現過度活躍的系統，最終會誤認身體的健康組織，導致入侵疾病。
由於現代生活方式和藥物治療，自身免疫性疾病已經變得非常普遍。美國自身免疫相關疾病協會發現，美國有五分之一的人患有這些疾病。以下是我們應該真正了解的最常見的：格雷夫斯病，類風濕性關節炎，狼瘡，克羅恩病，多發性硬化症，1型糖尿病，橋本氏病，風濕性多肌痛，牛皮癬，腹腔疾病，乾燥綜合徵，自身免疫性肝炎，白癜風，脫髮。
腸道微生物群的干擾也可導致我們體內的各種慢性炎症。根據發炎的器官或組織的位置，可以證明有許多不同的症狀或疾病。
以下是常見診斷慢性病的列表：哮喘，雙相情感疾病，支氣管擴張，心力衰竭，心肌病，慢性阻塞性肺病，慢性腎病，冠狀動脈疾病，克羅恩病，尿崩症，糖尿病（1型和1型） 2），心律失常（心律不齊），癲癇，青光眼，血友病，HIV，高脂血症（高膽固醇），高血壓（高血壓），甲狀腺功能減退症（甲狀腺非活動），多發性硬化症，帕金森病，類風濕性關節炎，精神分裂症，系統性紅斑狼瘡紅斑狼瘡。潰瘍性結腸炎。 |
